尽管日本方面宣称福岛第一核电站的核废水在排放前已经过处理，但鉴于福岛核电站运营商东京电力公司在核事故处理和污染物排放方面曾有过很多隐瞒行为，核废水入海可能产生的负面影响仍然引发普遍担忧。

东京电力公司曾多次被曝出有隐瞒事故和篡改报告的行为。原日本通产省资源能源厅收到两份内部举报信。信中说，东京电力公司在1987年至1995年对下属核电厂进行维修和检查时，发现了一些反应堆管道有裂痕，但东京电力公司未按规定向核安全管理部门报告，也没有及时检修。同时，该公司还存在 “隐瞒事实及提交虚假报告”的问题。

2002年，东京电力公司承认与29起编造虚假检查报告的事件有关。东京电力也在次年4月之前，关闭了所有17座反应堆以备彻底检查。其中福岛第一核电站一号机组由于未按要求进行安全壳密封试验而被要求强制关闭一年。

2007年1月，东京电力公司在向经济产业省提交的调查报告中承认，从1977年起在对下属福岛第一核电站、福岛第二核电站和柏崎刈羽核电站的13座反应堆总计199次定期检查中，存在篡改数据和隐瞒安全隐患的行为，其中就包括造成福岛核事故中的紧急堆芯冷却系统失灵问题。

除了擅自篡改数据并隐瞒事故外，东京电力下属福岛第一核电站还存在着超期服役的问题。2011年地震发生前，福岛第一核电站一号机组已经服役40年，出现了一系列老化的迹象；但最后第一核电站仍然决定为其“延寿”20年。

东电公司在福岛核事故处理的过程中，也有过多次“不诚实”的记录。在福岛第一核电站发生核泄漏事故后第3天，东京电力公司一度想完全放弃这座核电站，集体撤离，任由其自行泄漏。

核事故发生后一周，专家就已作出第一核电站1号到3号机组已经发生炉心熔融的判断，但东京电力公司拒不对外公布反应堆“堆芯熔化”，选择用明显弱化了危机强度的“堆芯损伤”来表述。在被迫承认“堆芯熔化”后，东京电力公司又声称，一直没有意识到公司掌握有关“堆芯熔化”的标准。而实际上，东京电力公司判断“堆芯熔化”的定义是“堆芯损伤比例超过5%”，东电公司一直都掌握这一社内手册规定的标准。根据这一标准，在2011年3月14日东京电力公司就应该宣布“堆芯熔化”，但是这一信息被有意隐瞒了下来。