一代：2157年，人类发现他们在宇宙中并不是孤独的；主角Shepard作为星盟（银河系联盟，类似联合国）中第一个人类“幽灵特工”（星盟专属特工，不属于任何其他势力的控制），奉命调查背叛星盟的前“幽灵特工”之王：萨伦。在这个过程中主角发现萨伦背后还有个BOSS：霸主（一个Reaper，收割者），他们计划在神堡（星盟总部）内杀死所有成员，摧毁星盟。主角力挽狂澜，消灭了敌人：这里你可以选择让人类加入星盟（成为常任理事），也可以选择让人类控制整个星盟。

二代：事情远没有结束，主角在2代中开始被收割者追杀而死，之后被幻影人复制救活（幻影人，塞普鲁斯组织首领）。主角在调查真相的时候发现收集者（收割者征服之后创造的一种半生物半机械物种）是银河系传说中早已经灭绝的最先进的智慧生物：普洛仙人（神堡和质量效应中继器都是他们留下来的），主角联合众人通过重重战斗终于摧毁了质量效应4号中继器以及Reaper在银河系的基地。

三代：3700万年前收割者来到了这里（一艘巨大的飞船），它是一种非常巨大的半有机、半无机的生命体。虽然失去动力,但是核心仍然在运作,通过电磁脉冲的形式影响周围或者内部的有机生命；它们每隔50000年就会出现一次，收割银河系中最高的智慧文明种族（化为己用，融合），并将该文明彻底消灭。在这个50000年的轮回里，收割者发现主角的表现超过预期，它对人类相当的感兴趣。质量效应4号中继器被摧毁之后，它决定亲自上场·········

注解Reaper：收割者，一种外来的种族，其文明科技程度远远高于银河系；它们每50000年收割一次·········神堡：星盟的总部，曾今银河系最先进的文明种族普洛仙人留下的，也是收割者每次进行收割时的地方，一个陷阱。幻影人：塞普鲁斯组织首领，塞普鲁斯是一个人类组织，一代中是个恐怖组织，似乎并不可完全信任。质量效应中继器：拥有外太空跳跃(又叫折叠)技术的一种巨型超时空传送器,宇宙中一切"云游"都只能靠它来完成。质量效应4号中继器：被收割者控制,几千年来从未有飞船能穿越,都是有去无回。

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